Tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu, stadion Grbavica ili popularno zvana Dolina ćupova je postala prva borbena linija, a zapadna tribina, prenesena sa stadiona 6. april sa Marijinog Dvora prilikom same izgradnje stadiona, zapaljena je, dok je dio stadiona miniran. Sa tribinom zajedno je izgorjelo i nestalo 316 pehara.

Potpisivanje Mirovnog sporazuma u Daytonu je donijelo kraj rata, a konačan povratak Grbavice pod kontrolu grada se desio 19. marta 1996. godine. Od tada pa do danas Grbavica živi svoj novi život, a s njom i njenim stanovnicima i naš stadion. Iako gotovo potpuno uništen, na stadionu punom vidnih ožiljaka već 2. maja 1996. godine odigrana je prva zvanična utakmica. Bio je to, prikladno simbolično, gradski derbi u kojem su Željezničar i Sarajevo odigrali neriješeno (1:1).