Jedna od najvećih tajni u životu Khabiba Nurmagomedova je njegova porodica. Malo toga je poznato o najbližim članovima porodice UFC-ovog šampiona.
Poznato je da se oženio 2013. godine i da sa svojom suprugom ima kćerkicu i sina, ali niko ne zna njihova imena, niti kako izgledaju. Zna se tek da se Khabibov sin zove Muhamed.
Ipak, poneka informacija iz Nurmagomedovog privatnog života procuri u javnost. Naime, njegov otac Abdulmanap otkrio je kako je njegov sin uz pomoć djeda odabrao ženu.
- Imao je tek 22 godine. Poznavao je suprugu, ali savjetovao se s djedom oko toga. Sjećam se da je pričao o šest djevojaka. Djeda Magomed se sve pita, Khabib je prvo s njim o tome razgovarao. Vrlo su bliski. Da je Khabib sad ovdje, prvo bi otišao k njemu. Ne znam tačno kako su odlučili, ali neophodno je bilo da dobije dozvolu svog djeda - ispričao je Khabibov otac Abdulmanap.