Emir Halilović rođen je 04.11.1989. godine u Zvorniku. U Velež dolazi iz mađarskog Zalaegerszegi TE FC, za kojeg je u zadnjoj sezoni odigrao 30 utakmica.

Po vokaciji je igrač sredine terena, a u svojoj karijeri ima dva trofeja koja je osvojio igrajući za FK Sarajevo.

Halilović je u karijeri promijenio brojne klubove. Počeo je u Budućnosti iz Banovića,nastavio u gradačačkoj Zvijezdi, a zatim otišao u Češku gdje je nosio dres Hradec Kralovea, Prevysova.

Od 2015. do 2017. bio je član Spartaka iz Trnave, potom je pola godine igrao za Blau Weiss Linz u Austriji. U julu 2018. vratio se u BiH i nastupao za Sarajevo, odakle se još jednom skrasio u Trnavi, potom se okušao u turskim klubovima Bolusport i Bandirmaspor.