Turajlić je mučki ubijen pred očima francuskih vojnika dok se u oklopnom vozilu UNPROFOR-a vraćao sa Sarajevskog aerodroma gdje je imao sastanak sa predstavnicima turske vlade. 

Na punktu Sijera 4, srpska vojska je zaustavila vozilo uz nezakonit zahtjev za inspekciju UN-ovog transportera.

Nakon 90-minutnog zastoja francuski oficir UNPROFOR-a je otvorio vrata na oklopnom transporteru u kojem je Turajlić sjedio, nakon čega je srpski vojnik otvorio vatru iz "kalašnjikova". Turajlić je pogođen sa 8 hitaca. Francuske trupe nisu uzvratile vatru, nisu pozvale pojačanje od jedinice koja je bila udaljena svega 500 metara, niti su zadržale ubice. Britanske trupe koje su pristigle na mjesto zločina su dobile naredbu da napuste lokaciju.

Ni 28 godina kasnije ne zna se ko je ubio Turajlića. Do danas je ostalo nerazjašnjeno zašto su pripadnici francuskog UNPROFOR-a poslušali naređenje agresorskih vojnika i otvorili vrata transportera jer Turajlić je bio pod međunarodnom zaštitom. 

Tužilaštvo Kantona Sarajevo podiglo je 1998. godine optužnicu protiv Gorana Vasića zbog ratnog zločina, a terećen je i za ubistvo Hakije Turajlića. Međutim, zbog nedostatka dokaza oslobođen je optužbi.

Turajlić je ukopan u haremu Ali-pašine džamije u Sarajevu. Posthumno mu je dodijeljena Zlatna plaketa Patriotske lige BiH - orden za hrabrost, patriotizam te odgovorno i časno izvršavanje zadataka.