Kandidati za ovu funkciju su prof. dr. Almira Hadžović-Džuvo, redovna profesorica na Medicinskom fakultetu u Sarajevu, i prof. dr. Tarik Zaimović, redovni profesor na Ekonomskom fakultetu u Sarajevu i aktualni prorektor za finansije UNSA-a.
Rektor se bira tajnim glasanjem, većinom glasova od ukupnog broja članova Senata, na mandatni period od četiri godine sa mogućnosti još jednog uzastopnog izbora.