Godine 1942. s džamije je skinut krov, dok je mektebska zgrada srušena, što je postepeno dovelo do urušavanja i propadanja. Od tog vremena džamija i mekteb su van funkcije.  

Usmeno predanje govori da je džamiju podigao Mujo Kotezlija, koji je za vrijeme osmanske uprave, a u ime sultana, dijelio Popovo polje kao erazi-emiriju stanovnicima, te od poreza sagradio džamiju u Kotezima.  

Glavni imam Medžlisa Islamske zajednice (MIZ) Trebinje hafiz Sadik ef. Fazlagić je podsjetio da je obnova počela 1. jula 2022. godine i do danas su završeni radovi na vanjskom uređenju same džamije i djelimično u njenoj unutrašnjosti. 

- Džamija je nakon punih 80 godina ponovo dobila svoj krov koji posebno ističe njenu ljepotu i vrijednost koju nosi u sebi dugi niz godina – kazao je Fazlagić i dodao da njena obnova, pored vjerskog značaja i vrijednosti, značajna je i radi očuvanja bošnjačkog identiteta, kulturne baštine na ovim prostorima i svih ljudi koji tu žive. 

Izrazio je nadu da će i ostali radovi napredovati planiranom dinamikom, te da će uskoro svjedočiti završetku radova na cijelom kompleksu. 

Nakon toga uslijedit će i obnova dva prateća objekta pored džamije, koji će imati funkciju mekteba i abdesthane, kao i uređenje okolnog harema. 

Prema odluci Komisije za očuvanje nacionalnih spomenika BiH, ova džamija, kao i cijeli njen kompleks, 2003. godine proglašeni su nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine, javlja MINA.