Kako je još ranije pojašnjeno, promet kroz tunel Crnaja odvijat će se naizmjenično, jednom trakom, uz upotrebu svjetlosne signalizacije. U Cestama Federacije BiH ističu da će prema simulacijama prometa koje su do sada urađene, maksimalno zadržavanje biti ograničeno na 15 munuta.

S ciljem ubrzanja izgradnje, radovi će se izvoditi kontinuirano 24 sata, s tim da su potpune obustave prometa predviđene u intervalu od 23 sata navečer do 5 sati ujutro, uz izuzetak vozila hitne pomoći i policije kojima će prolaz biti omogućen i u ovom periodu.

U periodu 01. juna do 30. septembra radovi će biti obustavljeni, a promet će se odvijati u obje trake, bez ograničenja.

Važno je naglasiti da su u radi što boljeg i pravovremenog informiranja vozača, s obje strane tunela Crnaja instalirane kamere BIHAMK-a, putem kojih se može u svakom trenutku provjeriti stanje odvijanja prometa na ovoj dionici magistralne ceste Sarajevo-Mostar.