U januaru 2004. godine visoki predstavnik Paddy Ashdown donio je Statut grada Mostara. Uvedene su nacionalne kvote kako bi se spriječilo da jedan narod može imati većinu u gradskom vijeću. Dio Statuta su bila i posebna izborna pravila kojima je formirano šest izbornih jedinica: tri većinski hrvatske i tri većinski bošnjačke.

Te 2008. godine, kada su održani posljednji izbori SDA je u Gradskom vijeću osvojila 12 mandata, Narodna stranka Radom za boljitak sedam, HDZBiH sedam, HDZ 1990 tri mandata, SDP je imao također tri mandata, SBiH dva i HSP Đapić – dr. Jurišić jedan.

Lijanovići su prije 12 godina napravili nevjerovatan rezultat i po broju mandata u gradu na Neretvi bili su drugi, odmah iza SDA, dok je HDZBiH bio treći, čime je izgubio dominaciju.

Nakon dugotrajnih pregovora i prilično sumnjivih prelazaka vijećnika iz Narodne stranke Radom za boljitak pod okrilje HDZ-a, napravljen je preokret, te su umjesto Lijanovićeve stranke sa SDA u koaliciju uletjeli vijećnici Dragana Čovića.

Uprkos brojnim pokušajima gradonačelnik Mostara nije izabran. Visoki predstavnik Valentin Inzko nametnuo je tada odluku o izboru gradonačelnika koji će u trećem krugu glasanja Gradskog vijeća moći biti izabran prostom većinom prisutnih vijećnika.

Time je izmijenjen Statut prema kome je bila potrebna većina od ukupnog broja vijećnika, odnosno 18 od 35 glasova.

Krajem decembra 2009. 14 mjeseci nakon izbora, Ljubo Bešlić je ponovo izabran za gradonačelnika Mostara i na toj dužnosti nalazi se i danas.

Ustavni sud Bosne i Hercegovine, u novembru 2010. donio je odluku o djelomičnoj izmjeni Statuta Mostara, te Izbornog zakona BiH, ocjenjujući ih neustavnim u dijelu koji se odnosi na to da se isti broj vijećnika bira sa područja šest bivših mostarskih općina iako imaju različit broj glasača. Parlamentarna skupština BiH imala je šest mjeseci za izmjenu Izbornog zakona.

HDZ je tražio glasanje po principu "jedan čovjek, jedan glas", dok je SDA insistirala na vraćanju na sistem tri većinski bošnjačke i tri hrvatske općine.

Rok je istekao, odluka nije provedena. Mandat Gradskog vijeća završio je u novembru 2012. godine.

Gradsko vijeće Mostara je prestalo sa radom krajem 2012. godine, nakon što je istekao mandat posljednjem izabranom sazivu na lokalnim izborima 2008. godine. Od tada, jedina vlast u Mostaru je gradonačelnik, u tehničkom mandatu, Ljubo Bešlić. 

U junu 2018. Mostarka Irma Baralija podnijela je tužbu Evropskom sudu za ljudska prava u Strazburu protiv Bosne i Hercegovine jer joj je uslijed neodržavanja izbora, od 2008. godine uskraćeno pravo da bira i bude birana za vijećnicu gradskog vijeća Grada Mostara, što je dovelo do diskriminacije po osnovu mjesta prebivališta.

Početkom jula ove godine u Parlamentu BiH usvojen je Prijedlog zakona o izmjenama i dopunama Izbornog zakona koji se odnosi na izbore u Mostaru. Usvajanju je prethodio Sporazum koji su mjesec ranije potpisali lideri SDA i HDZ-a Bakir Izetbegović i Dragan Čović.

Usaglašeni model izmjena izbornih pravila za Mostar podrazumijeva izbor 22 vijećnika iz šest izbornih jedinica na način da Gradsko područje Sjever daje dva vijećnika, Stari grad pet, Jugoistok dva, Jug dva, Jugozapad sedam, a Zapad četiri. Sa Gradske liste bira se još 13 vijećnika.