Helikopter u kojem su letjeli iz Bihaća prema Zagrebu, pogođen je raketom nedaleko od Slunja, u Hrvatskoj.

Te kobne noći zajedno sa Ljubijankićem ubijeni su i njegovi saputnici Izet Muhamedagić, zamjenik državnog ministra pravde, Mensur Šabulić, savjetnik u Ambasadi RBiH u Zagrebu, major Fadil Pekić, pripadnik MUP-a RBiH i Ljubijankićev pratilac, kao i članovi posade Mirsad Dupanović te Mihail Maksumenko Grigorijevič, kao i pilot N. Dudajev, Ukrajinac, za kojeg se smatra da je poginuo u padu helikoptera, iako njegovo tijelo nikada nije pronađeno.

Smrt Irfana Ljubijankića i njegovih saputnika nikad nije do kraja rasvijetljena, niti je iko odgovarao za ovaj zločin, iako postoje pouzdane indicije ko su počinioci. Ranijih godina u javnosti se moglo čuti kako u Tužilaštvu BiH postoji formiran predmet o smrti Ljubijankića i drugih, ali nikada se nije govorilo o sadržaju, niti su javnosti poznati detalji da li je Tužilaštvo BiH ikada odmklo dalje od "formiranja predmeta".

Tijela i ostaci helikoptera u kojem je bila bh. delegacija prikazani su nakon pogibije na brojnim televizijama. 

Minka Ljubijankić, supruga rahmetli Irfana, ranije je u izjavama za medije kazala kako se na jednom od tih snimaka vidi Irfan kako "leži u travi sa plavom košuljom na sebi, na kojoj je mrlja od krvi u predjelu srca", što je prema njenim riječima, "izaziva sumnju da je helikopter prizemljen nakon što je pogođen i da su onda ubijeni".

Također, postoje snimci i na kojima Mile Mrkšić, dužnosnik JNA i haški osuđenik, čita spisak onih koji se odlikuju za, kako je naveo, "uspješno rušenje neprijateljskog helikoptera". Helikopter bh. delegacije srušen je mjesec ranije, pa se gotovo sa sigurnošću se može reći da se radi o istom slučaju.

Dr.Irfan Ljubijankić rođen je u Bihaću 1952. godine. Medicinski fakultet je završio u Beogradu, radio je u Libiji kao ljekar, a potom je specijalizirao otorinolaringologiju i cervikofacijalnu hirurgiju te završio postdiplomski studij iz medicine u Zagrebu.

Jedan je od osnivača Stranke demokratske akcije (SDA) i bio je prvi predsjednik Općinskog odbora SDA Bihać. Bio je član Glavnog odbora SDA. U vrijeme kada je ubijen bio je predsjednik Glavnog odbora te stranke.

U junu 1994. godine izabran je za ministra vanjskih poslova RBiH. Bio je među organizatorima otpora agresoru devedesetih na području Bosanke krajine.

Posthumno je odlikovan Zlatnim ljiljanom, a Kantonalna bolnica u Bihaću nosi ime "Dr. Irfan Ljubijankić".