Do 2015. godine bio je predsjednik Urugvaja, a nakon toga je 85-godišnji Mujica obnašao funkciju senatora. Ostavku je podnio zbog pandemije nove vrste koronavirusa. 

- U životu postoji vrijeme kada dolazite i odlazite. Hvala mojim pristalicama koji su me podržavali 26 godina. Godinama u svom vrtu ne gajim mržnju, naučio sam tešku lekciju koju mi ​​je život dao, mržnja te čini glupim - rekao je Mujica. 

S obzirom na njegove godine i hronične zdravstvene probleme zbog koronavirusa ne može da u potpunosti obnaša svoju dužnost i zbog toga je podnio ostavku. 

Inače, dok je bio predsjednik Urugvaja donirao je 97 posto svoje plate, vozio automobil Volkwagen Beetle 1987. godište i prodavao cvijeće koje sa svojom suprugom uzgajao u vlastitoj bašti. Živio je u skromnoj seoskoj kući pored Montevidea sa suprugom, senatorkom i bivšom gerilkom Luciom Topolansky i tronogim psom Manuelom. Nije imao tjelohranitelje, niti službeni vozni park.